重大任务处是在所长领导下的一个管理职能部门，负责JG项目的组织策划及全过程管理，负责专项科技成果申报管理，专项科技类专家组织库申报管理，科技成果转移转化管理，横向项目管理，院地合作管理，知识产权体系建设和管理，保密管理体系及其信息化体系建设和管理，质量体系建设和管理，承制及生产许可资格认证体系建设和管理，外设分支机构监督管理和对外投资等工作。同时负责院军民融合办公室委托开展的各项工作。

　　内设工程专项办公室、成果转移转化办公室、质量管理办公室、保密办公室，具体职责如下：

　　1、专项项目管理

　　2、专项重点实验室管理

　　3、质量管理体系工作

　　4、保密工作

　　5、资格认证体系建设及管理工作

　　6、知识产权管理

　　7、院地合作与成果转移转化工作

　　8、对外投资工作

　　9、所领导交办的其它任务